自闭症病因不是十分明了。大多数学者和专家认为可能和以下几种因素有关：1、与遗传因素有关，最有名的就是对双生子，即双胞胎的研究，如果是单卵双生子，他们的同病率，即两个胎儿同时患自闭症的概率可以达到82%，如果是双卵双生子，也就是两个双胞胎性别不一样或者长相差的很多，同病率可以达到10%，所以现在认为自闭症和遗传有很大的关系；2、与围产期的高危因素有关，比如在围产期，就是怀孕或出生的时候有感染，比如巨细胞病毒或者弓形体感染，或者存在早产的因素，这些孩子发生自闭症的几率会增高；3、与神经系统的发育有关，比如进行功能性磁共振检查，可发现自闭症孩子的大脑某些功能区发育的不是很好，比如额区、颞区，或者杏仁核，海马回等大脑的边缘系统，即与人类情绪有关的区域发育有异常。